Under systemintegration kan integration med portaler og registre sættes op. Portalintegration omhandler integration af den Digitale postkasse som en I-frame i andre portaler som f.eks borger.dk, Virk.dk, sundhed.dk eller myndighedens egen hjemmeside. Register-integration omhandler opsætning af systemer hos en myndighed, der skal udveksle data med Digital post/NemSMS.